В мелком судостроении дерево остаётся основным материалом, причём для разных частей судна используют разные породы: киль и штевни делают из сосны, лиственницы, дуба, бука и других твёрдых пород, обшивку в подводной части — из ели (менее подверженной гниению в воде), палубу — из сосны. Долговечность деревянных судов зависит от свойств древесины, способов её консервации и ухода за конструкциями. Консервация предполагает заполнение пор древесины растворами, жирами, смолой, дёгтем, олифами для защиты от гниения; например, при бакелизации поры заполняют под давлением бакелитовым лаком и нагревают для полимеризации. Несмотря на консервацию, гниение часто происходит из‑за проникновения влаги через торцы деталей, поэтому при постройке судов соблюдают правило «прятать торцы»: конструкции соединяют так, чтобы торцы не подвергались прямому воздействию влаги, а также защищают их консервирующими составами, глубоко пропитывая и повторно покрывая при соединении деталей.

Ещё один способ сохранения древесины — герметизация: покрытие всех поверхностей детали или конструкции 3–4 слоями лакокрасочного материала, но только если древесина высушена до содержания влаги 6–8 %. Металлический крепёж (гвозди, винты, болты) защищают от коррозии: перед установкой его обильно покрывают олифой, лаком, краской, смолой или минеральным маслом либо заливают изолирующий состав в просверленное отверстие, а открытые части крепежа закрывают краской при окраске поверхности.

Для корпуса отбирают высококачественную древесину: доски для наружной обшивки выбирают тщательно, предпочитая мелкослойную крупнослойной; цвет сосны должен быть жёлтым, ели — белым со слабой желтизной, синева недопустима (её удаляют строжкой). Лицевую поверхность досок (ближе к сердцевине ствола, с более плотными и мелкими годичными кольцами) отличают от оборотной. Сопрягаемые плоскости олифят или смолят для лучшего прилегания и защиты от влаги; доски наружной обшивки пропитывают олифой за 2–3 дня до установки, чтобы они успели высохнуть.

После постройки корпуса, до установки палубы и надстроек, проводят шпатлёвку наружной обшивки: местную — при набойной обшивке, сплошную — при обшивке вгладь. Затем осматривают и зашпатлёвывают зазоры и неплотности в местах соединения обшивки со штевнями, килем, транцем и планширем. Глубокие и широкие зазоры заполняют не шпатлёвкой, а ватой или «пластинками» ткани, пропитанными олифой, накладывая их слоями (большие «пластинки» — на меньшие); вата служит армирующим материалом, не выкрашиваясь, как шпатлёвка. Зашпатлёванные поверхности проолифливают; после высыхания олифы матовые пятна (признак впитывания) покрывают олифой повторно до получения глянцевой однородной поверхности. Один слой олифы или краски высыхает за 5–7 дней; следующий слой наносят только после полного высыхания предыдущего (или через 3 дня, если плёнка не деформируется при нажатии плоскостью ногтя).

Схему окраски выбирают с учётом условий эксплуатации судна: сначала наносят покрытие на пояс переменных ватерлиний, подводную часть окрашивают водостойкими красками, надводную — дополнительно покрывают лаком (включая полосу переменных ватерлиний и всю надводную часть до ватервейса или планширя).